L'Industrie Alimentaire en Bourgogne emploie 16 000 personnes pour 1 630 établissements.
Avec 12,7 % des effectifs salariés de l'industrie régionale, ce secteur constitue le 3ème employeur industriel régional, derrière les secteurs Métallurgie / Travail des Métaux et Mécanique.
Plusieurs grosses structures au rayonnement international sont présentes sur le sol bourguignon: AMORA-MAILLE (Unilever), BARRY CALLEBAUT, SENOBLE, WILLIAM SAURIN, JOKER, ORANGINA-PAMPRYL, …

 Une production diversifiée...
Le secteur des industries alimentaires en Bourgogne est plutôt diversifié.
Deux branches se distinguent toutefois : celle de l'industrie de la viande, et celle des produits laitiers, avec chacune 22 % du chiffre d'affaires du secteur au niveau régional. L'activité de panification est bien représentée, avec par exemple Groupe ELANCIA, EUROGERM, PATI PRESTIGE, BEAUNE BRIOCHE, APPETIT DE FRANCE, LA BOULANGERE, DAUNAT…
Les emplois des industries agro-alimentaires sont concentrés essentiellement en Côte-d’Or et en Saône-et-Loire qui couvrent à eux-deux les 2/3 des effectifs régionaux du secteur. En Côte-d’Or, l'industrie Alimentaire est particulièrement bien représentée, avec 15 % des salariés de l'Industrie départementale, et DIJON accueille de grands établissements, notamment AMORA MAILLE (Unilever), BARRY CALLEBAUT, et DIJON CEREALES.

 Un regroupement de compétences de 1er ordre dans le domaine du Goût : R&D, Transfert, et Formation
En matière de Formation, les industries alimentaires sont largement représentées en Bourgogne, à tous les niveaux : du CAP au diplôme d'ingénieur, en passant par le Bac Professionnel, le BTS, DUT, et DEUG.
Un exceptionnel regroupement de compétences dans le domaine du goût, de l'aliment et de l'ingestion, tant en matière de recherche fondamentale qu’en matière de transfert de technologie, permet de constituer à Dijon un véritable pôle d’experts IAA au service des industriels : cette structuration constitue un atout fort pour la Bourgogne, dont la cohérence sert d'appui à une démarche de technopôle à Dijon sur le secteur agro-alimentaire.

 Le Centre Européen des Sciences du Goût (CNRS / INRA / Université de Bourgogne).
Il a été inauguré sur le Campus de l'Université de Bourgogne à Dijon en 1998.
Les programmes des unités de recherche fondamentale abordent plusieurs aspects des sciences du goût : mécanismes sensoriels, comportements alimentaires, physiologie de la nutrition et du métabolisme, développement des préférences olfacto-gustatives et des préférences alimentaires, …
Le CESG dispose également d'une unité d'interface Recherche-Industrie-Services qui a pour mission de conduire des recherches pré-concurrentielles avec divers partenaires industriels, ainsi que d'infrastructures d'expérimentation permettant de conduire des travaux dans divers domaines.
 L'Institut Fédératif de Recherche "Qualité des Aliments"
Les objectifs de la Recherche sont d'améliorer la maîtrise de la qualité microbiologique, de la texture et de la flaveur des aliments, ainsi que de développer des aliments à fonctionnalités bénéfiques pour la santé de l'homme et répondant à son attente.
 L'Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) de Dijon
Il compte 420 personnes dans l'Agglomération dijonnaise, dont la moitié d'enseignants-chercheurs, qui développent notamment des recherches scientifiques dans les domaines considérés comme stratégiques pour la santé publique et l'agro-alimentaire :
- Qualité des Aliments,
- Plante, sol, microbe et environnement,
- Territoire et développement.
 AGRALE, 2ème Pôle R&D français en IAA
Ce Groupement d'Intérêt Scientifique fédère en région Bourgogne tous les organismes dédiés, entre autres, aux sciences et technologies des aliments et de la nutrition. 4 Axes d'excellence : process alimentaire, process en biotechnologies, nutrition et santé, études du goût et de la sensorialité.
 VITAGORA, Pôle de Compétitivité Goût-Nutrition-Santé Bourgogne Franche-Comté
Il valorise l'importance du Goût et de la Sensorialité dans les produits alimentaires et étudie les interactions fonctionnelles entre les qualités organoleptiques et nutritionnelles. Il accompagne et fédère les acteurs de l'agroalimentaire et des professions de santé autour de projets R&D collaboratifs.
 L'Université de Bourgogne, avec notamment :
- L'Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation (ENSBANA)
- L'Institut Universitaire de la Vigne et du Vin (IUVV)
- Ses facultés de Médecine et de Pharmacie
 L'Etablissement National d'Enseignement Supérieur Agronomique de Dijon
(ENESAD)
De nombreux thèmes de recherche sont développés parmi les 4 axes suivants : Sciences de l'ingénieur appliquées à l'agriculture et à l'agro-alimentaire, sciences et techniques agronomiques, économie et sociologie, sciences de la formation et de la communication.
 L'Ecole Supérieure de Commerce Dijon Bourgogne (ESC)
Formation en Master Marketing Alimentation Santé...
 Le Centre Régional d’Innovation et de Transfert de Technologie Agro-Alimentaire, Bio-Industriel (CRITT 2ABI)
La mission du CRITT Agro-Alimentaire est d’associer la compétence de la recherche locale aux compétences techniques des ingénieurs du CRITT dans les domaines des arômes, des traitements thermomécaniques appliqués aux produits laitiers et céréales. L'objectif est de favoriser le transfert technologique vers les PMI et de mettre au point ou développer des procédés et des produits nouveaux.